คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้เริ่มจัดตั้งขึ้นโดยกำหนดเป็นโครงการในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ตามแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ระยะที่ 7 เมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม พ.ศ.2537 ได้จัดตั้งเป็นคณะวิศวกรรมศาสตร์ พร้อมกับการจัดตั้งสำนักงานเลขานุการคณะ ฯ ภาควิชาวิศวกรรมโยธาและวิศวกรรมอุตสาหการ ทั้งนี้ได้เปิดทำการสอน 2 หลักสูตร คือ หลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิศวกรรมโยธาและหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมอุตสาหการ